Město Napajedla leží na 49 stupních 10 minutách 20 vteřinách severní šířky a 17 stupních 31 minutách 3 vteřinách východní délky v nadmořské výšce 200m. Nachází se na hranici dvou důležitých geomorfologických jednotek - Hornomoravského a Dolnomoravského úvalu. Přírodní podmínky tohoto místa jsou poněkud neobvyklé. Řeka Morava je zde náhle sevřena do poměrně krátkého ale úzkého průlomového údolí, kterým jsou vzájemně oba úvaly propojeny. Místo, označované jako Napajedelská brána, tvořilo již pro pravěkého a středověkého člověka strategicky důležitý bod. Údolí s příznivými životními podmínkami, nacházející se na obchodní stezce v blízkosti brodu přes řeku, vytvářelo dobré předpoklady pro trvalejší osídlení. Historický název města sám nejlépe vypovídá o jeho někdejším významu.