Blízké okolí bylo hustě osídleno již v raném středověku, jak o tom svědčí rozsáhlá slovanská mohylová pohřebiště na Vápenickém kopci a u Ostrolovského Újezda. Samotná ves je v písemných pramenech poprvé doložena již v roce 1186, kdy se zdejší obyvatelé jako svědci zúčastnili vyměřování hranic majetku pro klášter z dolnorakouského Zwettlu. Koncem 13. století se Borovany nacházely v držení jedné větve rodu Vítkovců, z níž jmenovitě známe k roku 1291 Voka z Borovan. Po roce 1327 patřila ves Vilémovi z Landštejna a od jeho syna Vítka ji roku 1359 koupili bratři Petr, Jošt, Oldřich a Jan z Rožmberka a připojili na nějaký čas k novohradskému panství. Od konce 14. století Borovany vystřídaly několik drobných šlechtických držitelů, mezi nimiž vynikl českobudějovický měšťan Petr z Lindy, který zde roku 1455 založil augustiniánský klášter a odkázal mu svůj majetek. Klášter pak setrvával pod rožmberskou ochranou, ale špatné hospodaření probošta Matěje Kozky z Rynárce přimělo Viléma z Rožmberka v roce 1564 k zrušení kláštera. Statku se ujali Rožmberkové, kteří sem dosazovali své správce a někdy před rokem 1578 povýšili Borovany na městys. V této době získalo městečko rovněž vlastní znak. Po vymření rodu pětilisté růže v roce 1611 zdědili jeho panství Švamberkové, ale jen na krátkých devět let. Za účast ve stavovském povstání jim byl majetek zkonfiskován a Borovany s okolními vesnicemi připadly nejprve císaři a později zdejšímu klášteru, obnovenému v roce 1630. Císař Ferdinand II. také městečku potvrdil některá starší privilegia a udělil nová. Řád augustiniánů odešel z Borovan definitivně po provedení josefinských církevních reforem a zrušení zdejšího kláštera roku 1785. Borovanský statek získal od správy náboženského fondu kníže Jan Schwarzenberg. Po zániku vrchnostenského zřízení se Borovany v roce 1850 staly samostatnou obcí s příslušností k trhosvinenskému soudnímu okresu a českobudějovickému politickému okresu. Zřízení železnice roku 1869 napomohlo rozvoji městečka a umožnilo zároveň intensivní těžbu křemeliny, jejíž počátky spadají do prvních let 20. století. Po vzniku první republiky převzala dobývání a zpracování křemeliny akciová společnost Calofrig. Pod stejným názvem působí tento zdejší podnik dodnes. V roce 1973 obdržely Borovany statut města.